Kentte 1965 yılında kurulan ve geçmişte gösterdiği başarılarla "Anadolu efsanesi" olarak anılan Eskişehirspor, uzun seneler Süper Lig'de yer aldı.
Eskişehir temsilcisi, 1981-1982 sezonunda bir alt lige düşerek 1988-1989 sezonuna kadar TFF 2. Lig'de boy gösterdi. 1988-1989'da yeniden Süper Lig'de mücadele eden siyah-kırmızılı takım, bir sonraki sezon sonunda bir alt lige düştü.
TFF 1. Lig'de 1994-1995 sezonuna kadar mücadele eden Eskişehir temsilcisi, 1995-1996'da boy gösterdiği Süper Lig'e aynı dönemde veda etti.
1999-2000, 2000-2001 sezonlarında TFF 1. Lig'de kenti temsil eden Eskişehirspor; 2001-2002, 2002-2003, 2003-2004, 2005-2006'yı ise TFF 2. Lig'de geçirdi.
2006-2007 sezonunda bir üst lig olan TFF 1. Lig'de yer alan siyah-kırmızılı ekip, 2007-2008'de de bu ligde boy gösterdi.
Eskişehirspor, 2007-2008 sezonunda 1. Lig play-off finalinde Boluspor'u yenerek, Süper Lig'e çıktı.
Siyah-kırmızılılar, 2011-2012 sezonun ikinci devresinde Ersun Yanal yönteminde ligi 4'üncü sırada tamamlayıp UEFA Avrupa Ligi elemelerine katılma hakkı kazandı. 2015-2016 sezonunda Süper Lig'i 17'inci tamamlayan Eskişehirspor TFF 1. Lig'e düştü. 2020-2021 sezonuna kadar bu ligde mücadele veren Eskişehir temsilcisi önce 2. Lig'e, 2021-2022 sezonunda ise 3. Lig'e düştü.
TFF 3. Lig'de iki sezon sonunda Eskişehirspor, sahasında karşılaştığı Elazığ temsilcisine 6-3 kaybederek Bölgesel Amatör Lig'e geriledi.
