Ergenekon davasında sık sık tahliye taleplerini destekleyen hakim olarak adı geçen Köksal Şengün, özel yetkileri alınarak Bolu Hakimliği’ne atandı.
Köksal Şengün konuyla ilgili görüşlerini soran muhabirlere, tayinin kendisine bildirildiğini belirterek, "Bolu hakimliğine atandım. Herhangi bir tayin talebim yoktu" dedi.
Dava sürecinde sık sık mahkeme heyetinin aksi yönde tahliye taleplerini onaylayan Köksal Şengün son olarak, milletvekili seçilen Ergenekon davası sanığı Prof. Dr. Mehmet Haberal ile gazeteci Mustafa Balbay’ın tahliye taleplerinin reddedilmesi kararına da muhalefet etmişti. Şengün, "TBMM üyeliğine yasal bir seçim sonucu ve demokratik yollardan seçilen bu kişilerin kazanmış oldukları bu nitelikleri sebebiyle kaçma, saklanma ve delilleri karartma ihtimalleri de kalmamıştır" diyerek Balbay ve Haberal’ın tahliye edilmesini istemişti.
Başkan Şengün’ün ismi Ergenekon soruşturması kapsamında yürütülen 'Adil Yargılamayı Etkileme Soruşturması’ nda da geçmişti. Soruşturma kapsamında tutuklandıktan sonra serbest bırakılan avukat Tülay Bekar ile Köksal Şengün’ün telefon görüşmeleri ortaya çıkmıştı. Mahkeme Başkanı Köksal Şengün, bu telefon dinlemeleri üzerine o zaman soruşturmayı yürüten İstanbul Cumhuriyet Başsavcıvekili Zekeriya Öz’ü, HSYK’ya şikayet etmişti
