Boğaziçi Üniversitesi'nde 19 Ocak 2022'de görevden alınan İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Dekanı Prof. Dr. Metin Ercan yerine Mart 2022 başında dışarıdan atanan Önder, dekan olarak atanmasının ardından üniversitenin senato ve yönetim kurulu üyesi oldu.
Diken'de yer alan habere göre Önder, dekan olarak atandıktan ve senatoyla üniversite yönetim kurulu üyesi olduktan sonra Ekim 2022’de Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler bölümü için "kendi özelliklerini koydurttuğu" bir kadro ilanı açtırdı. Haberde Önder'in, depremin ikinci gününde üyesi olduğu üniversite yönetim kurulu kararıyla söz konusu kadroya atandığı ve böylelikle, Yıldırım Beyazıt Üniversitesi’ndeki kadrosunu Boğaziçi Üniversitesi’ne aldırmış olduğu belirtildi.
Siyaset bilimi ve uluslararası ilişkiler bölümü öğretim üyeleri bu duruma tepki gösterdi. Öğretim üyelerinin yaptığı açıklamada kadro ilanının adrese teslim olduğu, ilanın açılmasında bölümün ve fakülte yönetim kurulunun onayının alınmadığı, kadronun usulsüz bir şekilde açıldığını belirtti. Öğretim üyeleri söz konusu sürecin liyakate dayalı işe alım süreçlerine gölge düşürüceğini dile getirdi.
